Der Tierschutz sei dem Bundesrat ein wichtiges Anliegen, teilt er mit. Er lehnt die Initiative jedoch ab, weil das Tierschutzgesetz die industrielle Landwirtschaft bereits heute verbieten würde. Die Gesetzgebung schützt das Wohlergehen einzelner Tiere, unabhängig von der Anzahl der Tiere. Eine Beschränkung der Größe von Tierfarmen führt nicht zu einer unmittelbaren Verbesserung des Tierwohls. Zudem weist die Schweiz aufgrund der Struktur der Betriebe und der Gesetzgebung im internationalen Vergleich sehr kleine Tierbestände auf.
Auch der Bundesrat lehnt eine Verankerung des privaten Standards der Bio Suisse Richtlinien in der Verfassung ab. Diese spezifischen Leitlinien aus dem Jahr 2018 würden hinfällig, wenn sie nach Ablauf der 25-jährigen Übergangsfrist in Kraft treten würden. Darüber hinaus gäbe es zahlreiche weitere private und staatliche Bio-Standards, die weiterentwickelt würden.
Der Bundesrat will die Anliegen der Initiative in einem direkten Gegenvorschlag aufgreifen.